二者都是采取全日制攻讀的方式，其區別主要有兩點：

培養目標不同。專業學位是培養在某一專業（或職業）領域具有堅實的基礎理論和寬廣的專業知識，具有較強的解決實際問題的能力，能夠承擔專業技術或管理工作，具有良好職業素養的高層次應用型專門人才。學術性學位碩士研究生則主要是培養學術研究人才。

培養方式不同。專業學位課程設置以實際應用為導向，以職業需求為目標，以綜合素養和應用知識與能力的提高為核心。教學內容強調理論性與應用性課程的有機結合，突出案例分析和實踐研究；教學過程重視運用團隊學習、案例分析、現場研究、模擬訓練等方法；注重培養學生研究實踐問題的意識和能力。在具體的學習過程中，要求有為期至少半年（應屆本科畢業生實踐教學時間原則上不少于1年）的實踐環節。而學術學位研究生的課程設置側重于加強基礎理論的學習，重點培養學生從事科學研究創新工作的能力和素質。